1. El Front Controller
Toda petición debe pasar por un index.php. Usa .htaccess o las rutas nativas de Nginx para redirigir todo el tráfico a este archivo.
2. Autocarga (Autoloading) y Namespaces
Utiliza la función spl_autoload_register de PHP para cargar automáticamente tus clases según la convención PSR-4. Nada de require_once repartidos por todos lados.
3. Seguridad Nativa
Construir sin frameworks te ayuda a entender cómo funciona realmente la web por debajo.